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Progressant toujours un peu plus dans les domaines technologiques, l’Homme s’est lancé dans la conquête spatiale et a implanté des bases à proximité de la Terre, notamment autour de la Lune. Pour explorer plus avant les confins de l’espace, un nouveau type d’humain, génétiquement modifié et disposant de capacités physiques et intellectuelles accrues, est utilisé. Ce sont les « coordinateurs », que l’on différencie des humains normaux, dits « naturels ». Les coordinateurs, dans un premier temps dociles, finissent peu à peu par se rebeller face aux exigences toujours plus grandes des naturels, jusqu’au jour où une guerre éclate entre l’armée de Zaft et les forces terriennes. Sur Héliopolis, une station de recherche appartenant à la nation neutre Orb, un jeune coordinateur, Kira Yamato, vit en paix avec ses amis terriens et suit la progression de la guerre avec angoisse. Tout bascule le jour où l’Archangel, un vaisseau terrien, pénètre le satellite pour récupérer quatre prototypes de Gundam. Zaft, au courant de la manœuvre, tente une attaque surprise. Kira, le seul capable de piloter efficacement un prototype, doit défendre le satellite sous peine de voir ses amis mourir. Il doit alors faire face à Asran, son ami d’enfance…

Le jeune Ayato Kamina se retrouve au cœur du conflit qui oppose l’Union terrestre au mystérieux MU, car lui seul est capable de piloter le robot Rahxephon qui pourrait sauver la planète…